潔凈室的水系統施工包含工藝用水系統、空調用水系統和局部生活用水系統的給水與排水系統的施工與驗收。
一、 潔凈室給水系統設計
1. 污染區域特別是微生物污染區域內的供水管，不得與用水設備直接相連，必須有空氣隔斷，配水口應高出用水設備溢出水位，間隔不應小于2.5倍出水口口徑。在供水點和供水管路上均應安裝壓差較高的倒流防止器，供水管上還應設關斷閥，供水管上的倒流防止器和閥門應設在清潔區。
2. 潔凈區的給水管道應涂上醒目的顏色，或用掛牌方式，注明管道內水的種類、用途、流向等。
3. 生活用水系統不應采用鍍鋅鋼管，可選用給水塑料管、不銹鋼管、無縫鋼管，工藝和空調給水系統應選用無縫銅管、聚丙烯管、不銹鋼管，并應采用焊接或快速接口連接。
二、潔凈室排水系統設計
1. 污染區特別是致病微生物嚴重污染區域的排水管應明設，內壁光滑，并與墻壁保持一定檢查維修距離。有高致病性微生物污染的排水管線宜設透明套管。
2. 污染排水管道應有足夠的強度和耐腐蝕性能。用化學滅菌的排水管道可用聚丙烯、聚氯乙烯材料。
3. 致病微生物嚴重污染的排水管道如設有自動閥，應在其前后再設手動閥，閥門安裝位置和方式應有采用蒸氣和其他氣體滅菌條件。
4. 管線布置應符合設計要求。當設計未明確要求時，壓力給水管應避讓重力流排水管；附件少的管道應避讓附件多的管道。
5. 致病微生物嚴重污染的排水管道上的通氣管應伸出屋頂，距站人地面應在2m以上，不要接到清潔區；周邊應通風良好，并遠離一切進氣口。處理排氣的高效空氣過濾器的安裝位置與方式應方便維修和拆換。不同用途房間的排水通氣管應各自獨立。不得將通氣口接入凈化空調系統的排風管道。
6. 致病微生物嚴重污染的排水管的末端應設定期檢查水樣的采樣口，采樣口應有嚴格密封措施。
7. 致病微生物嚴重污染的排水管道穿墻的地方，應采用不收縮、不燃燒、不起塵的材料密封。
8. 地漏的安裝應平整、牢固、無滲漏。地漏頂標高應低于附近地面5mm～10mm。地漏安裝后必須先封閉。
三、 潔凈室熱水系統設計
1. 生活和清潔用熱水絕熱措施的安裝應能維持儲存溫度不低于60℃，或循環溫度在51℃以上的條件。
2. 作為消毒器件用熱水絕熱措施的安裝應能維持儲存溫度不低于80℃，或循環溫度在65℃以上的條件。
3. 冷熱水混合用的自動調溫閥應安裝在出水口處。
