潔凈空調系統和一般空調系統比較，在冷、熱加濕源的選擇上是有區別的，因為潔凈空調系統的溫度、濕度、潔凈度的參數是根據生產工藝的需要提出來的，因此在冷、熱加濕源的選擇時以滿足生產工藝的需要為前提，再根據工程所在地的具體情況進行比較，選擇比較經濟、高效的制冷機、加熱形式和加濕的形式。
冷源有電制冷冷水機組、溴化鋰吸收式制冷冷水機組、直接蒸發式制冷機組和天然冷源（免費冷源）。
1．電制冷冷水機組的壓縮機有往復式（活塞式）；螺桿式：分單螺桿、雙螺桿；離心式：有單級離心式、三級離心式和雙機頭組合式；渦旋式：有單機頭和多機頭模塊式等。電制冷冷水機組的冷卻方式分水冷和風冷兩種。
在選擇那種形式的電制冷機時要根據工程所需的冷量大小、制冷機的效率等因素。電制冷機的制冷劑有多種可選擇，盡可能地選擇高效、環保的制冷劑。
潔凈空調系統選擇電制冷的冷水機組，一般情況下要求供、回水的溫度為：出水溫度7℃，回水溫度12℃。當室內設計參數溫度和濕度偏低時，要求冷水機組進出水的溫度進行調整，由7℃出水溫度調整到5℃，回水溫度調整到10~12℃。要注意當進出水溫度進行調整時，制冷機的制冷量也要進行調整，當出水溫度低了，制冷量也降低了。在選擇制冷機時要適當放大制冷機的型號，也有采用直接蒸發式制冷形式來滿足室內偏低的溫濕度要求的做法，就是將蒸發器直接裝在空調箱里對空氣進行冷卻和去濕。這種做法要注意的是，當蒸發器表面濕度低于0℃時會結霜，如果結霜就要有化霜的時間，在化霜期間空調系統的送風溫度會發生變化，就不能滿足室內的溫濕度的要求。直接蒸發式制冷的方式只有在保證蒸發器表面不結霜的情況才可使用。還有一種情況就是潔凈室經常有冬季要求供的是冷風，這是因為潔凈室很少有外墻和外窗直接作為潔凈室的圍護結構，因此建筑造成的熱負荷的量很小，再加上工藝設備的發熱量，形成了冬季要求供冷的情況。而采用電制冷機時，對冷卻水的水溫除了最高有限制外，對最低也是有限制的。一般情況是最高不超過37℃，而最低的限制各種品牌的機器要求不同，由13℃到19℃，全年運行制冷機全年空氣濕球溫度低于13℃到19℃的時間很長，此制冷機要啟動必須要有措施，使冷卻水的水溫保證不低于對低水溫的限制，如將冷卻水供回水管進行旁通，利用制冷機和水泵的發熱量對冷卻水進行加熱或用篜汽、電加熱對冷卻水進行加溫等。
2．溴化鋰吸收式冷水機組有燃氣、燃油和利用余熱、蒸汽、熱水的幾種形式。溴化鋰吸收式冷水機組的制冷效率比較低，當工程所在地有余熱可利用，如有火力發電廠的蒸汽尾氣等，或者工程所在地電力資源缺乏，而燃氣和燃油的資源很充沛，這種情況下選擇溴化鋰冷水機組是合適的。溴化鋰冷水機組在一般情況下出水溫度會比電制冷機高一點，近幾年隨著溴化鋰吸收式制冷機制造技術的改進，出水溫度也能做得較低。溴化鋰吸收式制冷機要保持出水溫度穩定而制冷量不下降，需要更好的維護和保養，同時在選擇溴化鋰吸收式冷水機組時要注意冷卻水的出水溫度較高，選擇冷卻塔時要求降溫的溫差較大，應該選用中溫冷卻塔。
