潔凈空調系統要控制的參數是潔凈室內的溫度、濕度，正負壓值及潔凈度。
1．溫度
潔凈室的溫度是由工藝設計根據工藝的需要提出潔凈室內的溫度基數和精度。如電子工廠的潔凈室，室內溫度基數一般在22～24℃，比舒適性空調要低得多，而且精度要求又很高，一般在±0.5～±1℃之間。另外工藝設備的發熱量又比較大，生產工藝多變化，造成設備發熱量變化也很大，也就是說，影響室內溫度的擾量很大。潔凈空調系統的特點是送風量是根據潔凈度的要求確定的，一般情況下，送風量是不變的，為了滿足上述特點，潔凈空調系統設計是采用定風量變送風狀態點的控制形式。另一個特點是，由于送風量比較大，所以潔凈室內的溫度梯度差就相應的比較小，一般溫度傳感器可設置在回風口或回風總管內。若潔凈室內溫度精度要求高，采用電加熱器進行微調也是常用的方法。
2．濕度
潔凈室內的濕度也是根據生產工藝的要求而確定的，如電子工廠潔凈室，一般要求室內濕度基數為40％，但又不能太低，如果濕度太低，容易產生靜電。另一個特點是工藝設備發濕量很小，主要發濕量人員發濕量，潔凈室內人員不會太多，所以熱濕比線多大于5000，幾乎是垂直的。發濕量的最大擾量就是新風。室外空氣的含濕量變化還是比較大的，若在新風進入潔凈空調系統之前就將其濕度控制住，那潔凈室內的濕度控制相對來說就比較容易了。所以新風的空氣處理狀態要定在熱濕比線和90％的相對濕度線的交點上，那還有一部分的余濕就要由處理循環空氣的表冷器來承擔。這就要求循環空氣表冷器的進水溫度要低于循環空氣的露點溫度。也就進入處理循環空氣表冷器的進水溫度就很低了，有時候就不能滿足去濕要求。所以在新風處理前裝去濕裝置是常用的方法。
3．潔凈度
一般在潔凈空調系統設計時所講的潔凈度都是指靜態或空態下的潔凈度。而實際情況是工藝設備和工作人員是造成潔凈室內潔凈度下降的主要因素。所以規范潔凈室內人員動作和穿著嚴密的潔凈服是很必要的。同時還要對潔凈室內的潔凈度要隨時的檢測，若發現潔凈室的潔凈度下降要立即報警，排除造成潔凈度下降的因素。所以潔凈室內的潔凈度監測是自控系統的一個重要環節，在潔凈室運行管理中這叫動態監測。
4．正壓值的控制
潔凈室內一般都有正壓的要求，而且隨著潔凈度的級別高低，正壓值也隨著有高低。而工藝排風的變化和管理不善、門窗關閉不嚴是造成潔凈室正壓值變化的主要原因，那就必須對不同級別的潔凈室有壓差監測和壓差控制措施。
5．易燃、易爆、有毒有害氣體的濃度檢測
潔凈室內因生產工藝的需要會用到易燃、易爆的氣體和對人體有傷害的氣體，對于這些氣體的濃度必須要隨時檢測，當檢測到其濃度超過規定值時，應立即啟動事故排風并報警，這些啟動事故排風風機和報警的設計也是由自控專業來完成。
6．潔凈空調系統節能措施
在潔凈空調系統設計時就要貫徹節能的理念，要有節能的措施。當潔凈室內溫度、濕度、潔凈度、正壓值的參數確定后，選擇最合理可靠的空氣處理過程，嚴格控制各個狀態點參數。這就要有自控手段來保證，尤其是動態管理自控顯得更為重要。因為室外空氣參數是一直在變化的，室內生產工藝也是變化的，但是對潔凈室內的空氣參數要求是控制在一定范圍內變化，這就是控制精度。傳感器的選擇和設置、執行機構的選擇和設置，這都是自控的關鍵。如要控制潔凈室內的溫度，溫度傳感器設置在室內，還是設置在回風總管內；若設置在潔凈室內，設置在哪里、設置多少個傳感器、如何取溫度值、控制的方法是改變一、二次回風比例、還是改變表冷器或加熱器的水溫、水量，這些問題都要有空調專業的設計人員和自控專業的設計人員密切配合制定方案。另外運行管理的節能和降低運行成本，沒有自控的手段也是難以實現的。
