生物潔凈室（BCR Biological Clean room）以空氣中的微生物為主要控制對象，但同時對懸浮顆粒物提出控制指標。
生物潔凈室與工業潔凈室在基本技術上相一致，它實際是先期發展起來的工業潔凈室技術在生物凈化領域的具體應用。十九世紀中期，英法科學家和醫學家針對手術過程的細菌感染采取了對手術創部、處置室、手術室、室內人員、著裝、器械等進行消毒的措施，并將其稱為潔凈室（Clean room），該名詞沿用至今，當然其內涵已經有了很大發展。20世紀60年代初，美國工業潔凈室的發展進入全盛時期，人們通過測試發現在工業潔凈室中，空氣中微生物含量同樣遠低于外界，于是開始嘗試利用工業潔凈室進行一些要求無菌環境的試驗，最早的例子是在一間工業潔凈室中對進入太空的狗所進行的手術解剖實驗。細菌、病毒、是依附于空氣中的液滴或灰塵的，并以此作為生存和傳播媒介。控制了空氣中的顆粒物也就控制了空氣中的微生物。1966年在美國新墨西哥州的Albuguergue市巴頓紀念醫院建成世界上第一個“層流式”手術室，這是BCR技術用于醫療事業的最早實例。歐洲大陸最早的“層流式”BCR是1969年建在奧地利里茲市的急救醫院。日本在1970年建立了第一個高級別的“層流”潔凈手術室。
從20世紀70年代開始，以美國為首的技術先進國家，大規模地將工業潔凈室技術引入了防止以空氣作為傳播媒介的微生物污染控制領域，誕生了現代意義的生物潔凈室。
